自闭症的主要病因：

遗传因素
有研究表明该病同卵双生子同病率(36%~46%)明显高于异卵双生子同病率(0~24%)，同胞患病率为2.5%~3%，比普通人群高50~100倍，提示该症与遗传因素有关。

脑器质性因素
该症患儿脑电图异常、神经系统软体征及癫痫发作者多。磁共振研究表明部分患儿存在第四脑室扩大、小脑蚓部小叶发育不良及脑干明显缩小，提示该症与中枢神经系统异常所致的功能障碍有关。

神经生化因素
目前研究发现约1/3的该症患儿血5-羟色胺增高，还有研究表明，脑脊液中多巴胺代谢产物高香草酸水平的增高，与该症的刻板行为有关，5-羟色胺代谢产物5-羟吲哚乙酸的增高与症状的严重程度有关。

免疫学因素
已有研究表明部分该症患儿T淋巴细胞、辅助T细胞和B淋巴细胞数量减少，抑制诱导T细胞缺乏，自然杀伤细胞活性降低，由此可能使患儿在婴儿期或新生儿期易受病毒感染，导致中枢神经系统受损，从而发生儿童孤独症。